La Sección de Seguridad Social es la encargada del proceso de afiliación y liquidación de aportes al Sistema de Seguridad Social Integral de los servidores públicos. Asimismo, lidera trámites relacionados con incapacidades, licencias médicas, cuotas partes pensionales, expedición de certificación electrónica de tiempos laborales -CETIL-, bonos pensionales, reservas actuariales, devolución de aportes -Ley 549 del 28 de diciembre de 1999- y pensionados a cargo del Fondo Pensional de la Universidad del Valle.